Historie Ústavu pro státní kontrolu veterinárních biopreparátů a léčiv (ÚSKVBL) se odvíjí od roku 1955, kdy bylo veterinárním odborem ministerstva zemědělství a výživy zřízeno ”Kontrolní oddělení” při Biovetě v Ivanovicích na Hané. Organizační začlenění Kontrolního oddělení zůstalo v rámci Biovety až do roku 1959. V tomto roce bylo přejmenováno na ”Státní kontrolní laboratoř veterinárních biopreparátů”.
Od 1. ledna 1960 byla Státní kontrolní laboratoř vyčleněna z Biovety Ivanovice a zařazena jako ”Odbor kontroly veterinárních biopreparátů a léčiv” do Státního veterinárního ústavu (SVÚ) Praha v rámci Státní veterinární správy.
Odbor se skládal z/ze:
- sekce kontroly biopreparátů se sídlem v Ivanovicích na Hané, kde bylo též vedení odboru,
- sekce kontroly léčiv, umístěné nejprve v objektu veterinární fakulty Vysoké školy zemědělské v Brně, později v objektu Výzkumného ústavu veterinárního lékařství,
- detašovaného pracoviště pro Slovensko se sídlem v Nitře,
- oddělení kontroly slintavky a kulhavky (SLAK) se sídlem v Terezíně.
Po reorganizaci SVÚ a vytvoření Ústředního státního veterinárního ústavu (ÚSVÚ) byl Odbor kontroly veterinárních biopreparátů a léčiv přejmenován na ”Státní kontrolu biopreparátů a léčiv” (SKBL) a zařazen jako zálohová organizace do ÚSVÚ Praha.
Při reorganizaci veterinární služby v roce 1968 byl zřízen ”Ústav pro státní kontrolu veterinárních biopreparátů a léčiv” (ÚSKVBL) jako rozpočtová organizace, přímo řízená SVS MZVž ČSR. Umístění jednotlivých sekcí - odborů - zůstalo nadále rozmístěné ve výše uvedených lokalitách (Brno, Ivanovice, Terezín, Nitra).
Při federálním státoprávním uspořádání byl dnem 1. ledna 1969 z pracoviště v Nitře zřízen samostatný ”Ústav štátnej kontroly veterinárných biopreparátov a liečiv” v Nitře s pravomocí pro Slovensko, řízený přímo ŠVS MPVž SSR.
Pracoviště ÚSKVBL byla v té době stále rozmístěna na různých místech, tj. odbor biopreparátů v Ivanovicích, odbor léčiv v Brně (VÚVeL), odd. SLAK v Terezíně a vedení ústavu včetně ekonomického úseku v Brně na třídě kpt. Jaroše, později na ulici Rokytova.
V roce 1974 byla zahájena stavba nového ústavu v Brně - Medlánkách, kde po dokončení výstavby v roce 1977 byla soustředěna všechna pracoviště ústavu a kde je ústav do dnešního dne.
Od 1. ledna 1998 byl Ústav zřízen zákonem č. 79/1997 Sb., o léčivech a o změnách a doplnění některých souvisejících zákonů jako správní úřad.
Od 31. prosince 2007 byla působnost Ústavu jako správního úřadu s celostátní působností upravena v § 16 zákona č. 378/2007 Sb. o léčivech a o změnách některých souvisejících zákonů.